柠檬保存的关键是保持干燥和防止腐烂。将柠檬放在室温下，让它们变得柔软和甜美。将它们放在冰箱中会将柠檬变得干硬而且不好吃。要保存柠檬，最好将其放在阴凉，干燥且透气的地方，例如储藏室或者茶几下面。另外，最好不要用塑料袋储存柠檬，因为这会使其腐烂和产生霉菌。最好的方法是将柠檬放在纸袋里，可以吸收多余的水分。正确地保存柠檬可以延长其寿命，并且让它们直到需要使用时仍然皮肤光滑、内部多汁。
将柠檬放在一个凉爽、干燥的地方，比如说冰箱的蔬果室，可以延长柠檬的保鲜期。在保存柠檬之前应先将其擦干，避免潮湿造成的腐烂。如果要保存整个柠檬，建议将其放在一个通风良好的塑料袋中。
如果要保存柠檬汁，可以将其放在一个有盖的容器中，在冰箱里保存。最好不要将柠檬和其他水果一起保存，以避免柠檬散发的气味影响其他水果的味道。
把柠檬切好片，多加糖腌，或者加蜂蜜，可以保存很久，喝的时候拿出来冲。
柠檬的切口容易干燥、变质，因此，最好能够在新鲜时用完。但想如果实在用不完，可以将每个柠檬用保鲜膜包起，放在冰要用完整颗的柠檬并不容易。柠檬一旦切开，维他命c很容易被破坏，切口的部分容易氧化，变成咖啡色。所以，应该尽可能一次用完。
箱内保存。如果在用保鲜膜包起后，放入密闭容器中，再放入冰箱中保存，将可以更加保持柠檬的美味。
只需要果汁时，也可以将柠檬榨汁后加以冷冻。可以将榨出的果汁放在密闭容器中加以保存，或是冷冻后制成小冰块。切片柠檬的用途有限，但榨成果汁后，使用更加方便。
为了能够充分摄取柠檬中的维他命，无论使用何一种保存方法，都要尽可能及时用完。还末使用的新鲜柠檬可以用保鲜膜包起，防止干燥，通常可以在冰箱内保存很久。